……LZ对FF7不太了解吧……
我姑且就先回答一下你的问题了，其它具体的最好去玩FF7正传游戏，或者多看看资料、剧本……
一下部分是个人理解，仅供参考。
思念体是已经死去的萨菲罗斯在生命之泉用意念创造出的，为自己复活所准备的精神产物——卡达裘、亚祖和罗兹。
因为萨菲罗斯在游戏正传里是杰诺娃工程的最高杰出作品，他发现自己身世后发誓报复人类，利用杰诺娃细胞改变并“进化”（？）了自己，从而变成了类似杰诺娃代言人的综合体。（可以说是杰诺娃种族最厉害的个体）
克劳德在昏迷时被科学家宝条（萨菲罗斯的父亲——亲手将自己儿子用于实验的BT疯子科学狂）植入杰诺娃细胞，用于复制萨菲罗斯。
因为大家都有杰诺娃细胞，所以卡达裘一厢情愿地称呼克劳德为哥哥。但是克劳德本人对杰诺娃是相当排斥的！
电影最后说话的“妈妈”其实是游戏中死去的女主角爱丽丝，和杰诺娃这种灾难性的细胞并不关联。爱丽丝是古代种的最后一名后裔。古代种有能和星球对话的神奇力量，爱丽丝在死前发动了圣魔法，萨菲罗斯召唤来的陨石在游戏最后正在袭击星球，在最后一刻圣魔法终于正式发动，将灾难消灭了。
大概是因为爱丽丝是古代种，能够理解星球并和星球对话，她死去之后，意志和星球融为一体，变成了大地之母似的存在。在克劳德、伙伴、星球有畏难的时候会发动奇迹，出手相救，给人异常温暖的感觉，所以卡达裘、克劳德才会下意识地称呼她为“妈妈”。
在爱丽丝旁边的是她的初恋男友——扎克斯。扎克斯是从前神罗的一级特种兵，有着不凡的实力，梦想成为英雄。在军队里和克劳德相识，但是在萨菲罗斯发狂的时候被打晕受了重伤。他和克劳德一起被宝条用于实验，但是他的意志异常顽强，杰诺娃细胞对他影响甚微。后来他打晕了送饭的工作人员，将克劳德救出，此时克劳德已经被魔晃和杰诺娃细胞弄的神志不清。扎克斯带着昏昏沉沉的克劳德逃避神罗军队的追补。最后，为了自由的信念和保护克劳德与成千上万的军队决一死战，英勇牺牲了。
卡达裘拿的盒子里面应该是杰诺娃的头（玻璃罐子里的女尸的头），但是你想啊，那么小的盒子怎么能装的下一个人的头颅呢。本人认为里面是类似于脑浆、体液或者组织细胞之类的东西。
在战斗过程中，社长路法斯在跳楼的时候用枪打穿了盒子；
卡达裘抢到盒子之后又和克劳德打了一场，克劳德的大刀砍到了盒子。
盒子有了缺口，里面的细胞、组织和液体流失了一部分，卡达裘看了当然会心 。所以才会失声大叫。（那不是因为他看到了什么，而是因为发现东西少了、被糟蹋了，才叫的~！）
爱丽丝的发型也不是很少见啦，蓬松的大辫子高高梳在后脑，小女孩是玛琳，在游戏里是齐耳短发，2年时间过去了，头发长长了，梳成那个样子也没啥好奇怪的。不过玛琳很喜欢爱丽丝，为了纪念她，而梳和她一样的发型也不是没有可能。
忘却之都的水——是很平常的水。
但这个地方是从前爱丽丝去世的地方，克劳德曾经怀着伤 亲手将爱丽丝的尸体轻轻放入湖中。这个地方对他有特殊的意义。
卡达裘获得了魔球（魔石），利用新能力在湖水中散播一种能够控制小孩子体内杰诺娃细胞的物质，让孩子们成为他的傀儡。与湖水无直接关系。
因为在游戏中，爱丽丝就在克劳德的眼前被萨菲罗斯杀死，他什么也没做（当时可能被控制了）。他怨恨自己没能保护爱丽丝，迟迟不肯原谅自己。
所以爱丽丝问他为什么来，他说想得到宽恕。但是克劳德自己还不清楚，爱丽丝从来没有怨过他，所以想要振作，只是要做到自我原谅。
7、社长叫路法斯，是从前只手遮天的神罗公司的新总裁。手腕相当强硬，具有很强的领导能力，但是过于追求公司利益，导致世界处于被毁灭的边缘。
8、被萨菲罗斯、卡达裘一伙所追捧的杰诺娃是2000年前从天而降的灾难。杰诺娃有很强的寄生能力，寄生之后可以盗取宿主和其他人的能力和记忆。星球本身具有伤痕，古代种可以和星球沟通并逐渐治愈星球的伤痕，但是杰诺娃毁灭的本性会使星球的伤痕不断扩大。古代种因为杰诺娃的特殊能力差一点灭绝，后来古代种花了相当大的代价封印了杰诺娃。
你说杰诺娃是好的还是坏的？
上面已经说了，爱丽丝的特性让人产生妈妈的错觉，和萨菲罗斯一伙所认的杰诺娃妈妈不是一回事。
“妈妈”是杰诺瓦（细胞），古代种，（一种来自于外星的生物），一个植入细胞的实验
分为S计划和G计划
S计划：(萨菲罗斯）是在怀孕过程中（胎儿期）注射杰诺瓦细胞。眼睛为绿色，随着萨菲的成长而一起成长。并且萨菲并不知道自己是“试验品”(怪物）在游戏的xxx章（记不清了）得知此事。电影圣子降临中被杰诺瓦所控制
G计划：（安吉尔杰内西斯和克劳德）是在体外，也就是在出生之后注射杰诺瓦细胞（A君和G君什么时候注射的我不知道）。眼睛为蓝色。劣化中头发变白“能力”减弱（如G君）。顺便说一下，在这个实验中只有安吉尔和克劳德是“成功”品。安吉尔在游戏中被扎克斯杀死。
卡达裘三人组是萨菲的思念体
“出生”在克劳德之后，所以叫克劳德“哥哥”。
PS：游戏中·的A女神（爱丽丝）是古代种的后裔，扎克斯的女朋友，最后接受了星球的召唤，与星球融为了一体，也可以说是“死亡”了。
希望LZ满意
没错，LZ你猜对了，圣子降临确实是FF7的最后一部，前面也确实有剧情，最终幻想7一共有五部的，包括FF7正篇和FF7AC、BC、CC、DC。
按故事时间顺序发展为CC-BC-正篇-AC-DC。
FF7CC（Crisis Core）就是2007年推出的PSP上的游戏——危机核心，讲述最终幻想7正篇的五年前的故事，以扎克斯为主角。
FF7BC（Before Crisis）属于外传性质，是 手机游戏，国内玩不到，BC 名是危机之前，讲述以曾为首的TUCKS小队的故事。
最终幻想7正篇，是1997年发行于PS上的游戏，也是最早发行的、最核心的最终幻想7作品。讲的是尼布尔海姆事件后，以克劳德为主角的“雪崩”组织与神罗对抗的故事，最终克劳德第一次击败了萨菲罗斯。
FF7AC（Advanced Children）是一部2005年推出的3D DVD电影——降临之子，电影讲述的是FF7正篇结束2年后发生的故事。影片网上到处 得到。
FF7DC（Dirge Of Cerberus）就是地狱犬的挽歌，也属于外传性质，以文森特为主角讲述FF7AC一年后的故事，是2006年发行于PS2上的枪版游戏。
总之，如果有兴趣弄懂整个FF7故事剧情的话，至少要玩CC、正篇，再看完AC电影，这样才能大致明了。
