首先，零式有神话背景，它的背景是：创世神希望前往“不可视世界”，所以创造了两个神来帮他做事。帕鲁斯派通过“培养特别的灵魂”来开门，林泽派想用“大地的血祭”来开门。于是，属于帕鲁斯派的MOTHER创造了水晶孕育文明，然后在文明中投入特别的灵魂做实验，当世界失去平衡时或实验失败时，属于林泽派的人（这次是控制了CID）就会出来血 ，然后世界就会重置，这就是“轮回”。露露萨斯就是血洗的工具。
所以，故事最后是整个世界都迎来了毁灭。6亿次轮回指的是世界重置了6亿次，在游戏里可以看到，Cater常常有即视感发生，那是因为，这些事情在之前的轮回中就经历过。而MOTHER创造的特别的灵魂一共有16个，其中tiz和joker被实验抛弃了，代替他们位置的就是machina和rem。所以，在化为水晶之后，MOTHER依然有资格轻松的复活他们。二周目解锁的剧情可以看到，tiz和joker把零组最后的心愿告诉了MOTHER，MOTHER来到水晶旁，读取了零组最后奋战的经过，最后终于决定，终止轮回，同时改变了世界的规则，让人们能够记得死者。（原本死者的记忆会被删除），最后复活了小两口，让他们继承零组的意志活下去。
这个游戏没有HE，当继承了夏服进行游戏，二周目通关后（有说法是二周目必须都选第二项的新作战），会解锁一个录像“如果……”，里面就是一个完美的剧情。
参考资料是巴士上的剧情背景介绍，纯剧透，有兴趣可以看一看。
首先是泳装任务，那要在第三章的酒吧那里和托基特对话，接受他的依赖，然后到城镇买泳装，另外还得到魔法局和里面的男教员对话，接受监视艾米娜教官的任务
之后在明天自由时间剩下6小时以内的时候就可以在阳台找到艾米娜教官，同样也得到城镇买礼物送给她
彼の地、选ばれし者のみが入ることを许される、その者、天理天道に触れ、真なるものを手にするだろう
それは理外の理、アギトヘの理
それは力、アギトヘ至る王権
そして、贤者は语る
全てに於いて意味があり
凡てに於いて忌みが明ける
选択せよ。理か、王なる力か
我はなろう、アギトヘと···
钟を鸣らそう。世界を震わせ伝えよう···
(9と9が9を迎えし时、识なる底、脉动せし···。そして始まりの封が切れし时、雷のごとき声音が响かん
我ら来たれり···と)
ACE说的是无名之书中的一小段话，上面为游戏中有的一段无名之书的原文，括号内为ACE开场时说的，以下是 翻译
9与9迎来9之时，识之底端，脉动出现，在始之封印切断之际，声如雷鸣。吾等降临
